Бурунди — государство, которое не имеет выход к морю. Страна имеет границы с Демократической Республикой Конго, с Руандой, с Танзанией. Государство размещено на плато, которое спускается на юго-запад к озеру Танганьика.
Страна в значительной степени заключается в плато, на западной части размещена меридионально устремленная горная цепочка, которая тянется в стране Руанде. Размер средней высоты основного плато — от 1 550 до 2 070 м. самой высокой точкой является гора Хеха, которая расположена к юго-востоку от Бужумбуры, и превышает 2 780 метров. На юго-востоке и юге государства высота составляет примерно 1380 метров. Полосы территорий земли вдоль берега реки Рузузи к северной части от озера Танганьика, является частью Восточно-Африканской долины. Долина является единственной областью государства ниже 916 метров. Вблизи озера Танганьика расположена и самая низкая точка государства — 773 метра. Озеро Танганьика и река Рузизи, которая в нее впадает, — расположены на расширяющейся к северной равнине с плодородной землей. В середине государства и на восточной части размещены равнины, которые окружёны горными массивами и болотистыми местностями.
Значительная область Бурунди разделена складчатыми и несильно видоизмененной обломочной породой, которая относится мезопротерозойскому Кибаранскому поясу, длящимися от территории Республики Конго до Танзани.
В государстве в значительной области доминируют светлые почвы, которые формируют тончайший пласт гумуса над латеритовой субпочвы. Оптимальные почвы сформированы аллювием, но территории обрамлены долинами больших рек. На территории государства проявляется эрозия почвы, которая связана с уклоном поверхности и многочисленными осадочными массами, а также со стремительным развитием сельскохозяйственной деятельности.
В государстве Бурунди наблюдаются значительные запасы полезных ископаемых, в частности среди них встречается полевой шпат, каолин, фосфор, металлы платиновой группы, кварцит, редкоземельные металлы, ванадий, известняк. В Мабайи происходит разработка месторождений кассатеритов, колумбитотанталитов и вольфрама. Резервы никеля, которые были обнаружены в 1974 году, по оценке достигают 370 млн. т. Именно на территории страны находятся примерно 3-5 % от мировых запасов никеля.
Погодные условия Бурунди обусловлены в основном тропическим климатом со значительными скачками дневных амплитуд температуры. Температурные перепады также очень меняются в зависимости от высоты размещения территории в различных регионах государства. Среднегодовая температура в основном плато достигает 20 °C, на территории вблизи озера Танганьика не превышает 24 °C, а на территории высоких горных массивов не опускается ниже 17 °C.
Осадки непостоянные, зачастую изобильны на севере государства. На значительной части Бурунди среднее число осадков в год составляет 1400—1700 мм, на равнинных территориях Рузизи и северо-восточной области государства 850—1050 м. Выделяются четыре сезона, разделение обусловлено выпадением осадков: продолжительный сухой сезон (с начала июня по август), непродолжительный влажный сезон (с сентября по ноябрь), недолгий сухой сезон (с декабря по январь) и продолжительный влажный сезон (с февраля по май).
Обширная речная сеть представлена многочисленными речными потоками, частности реками Рузизи и Рувуву. К сожалению не одну из них нельзя в полной мере считать судоходной.